遗址发掘面积共600平方米，主要位于遗址的西侧。发现文化堆积由上到下基本分宋代、马桥文化、良渚文化3个阶段。遗迹有马桥文化灰沟1条，灰坑4个；宋代井2口，馒头窑2个。宋代文化时期的堆积厚约 150厘米左右，对下部地层破坏较大，马桥时期的遗存主要是灰沟和灰坑。发掘区内马桥地层以下为一层良渚时期的人工堆筑层，该层内包含物甚少，但是其上部已被破坏，性状不明。因发掘区南部靠近良渚港的位置约5～6米的范围内，发现倾斜状分布的良渚晚期生活废弃物的水相堆积，推测北部的人工堆筑层可能是住居等基础台基。其位置当为古代良渚港的北岸。
小山桥遗址位于杭州市余杭区良渚镇荀山村之小山桥自然村，旧104国道以南，良渚港以北，良渚博物院东部约300米，处于良渚遗址保护范围内。文化堆积分布于一座名为周山的孤立小山之西、南侧。其中南侧现为村庄占压，西侧原属两家工厂范围。
小山桥遗址的发掘增加了良渚晚期阶段遗址群内的一处分布地点，尽管保存不佳，但是仍具有比较重要的意义，遗址南侧的良渚港迄今向西仍然联通到良渚古城内，同时小山桥良渚时期堆积和良渚古城年代一致，可以证明良渚港的布局在当时可能就已经形成，并已经是两处间交通的重要途径。
因良渚博物院周边环境整治，拟将工厂搬迁，利用部分旧厂房改造为玉文化创意产业园，经报批后，由浙江省文物考古研究所和良渚管委会组成联合考古队，于2010年5月8日开始到9月22日，对遗址进行抢救性发掘。
