木船自沉水至完全被泥沙封固是一个长期演变的过程

  目前，较多内河船出土后往往因不具备保护修复条件或限于经费，而采取回填保护措施。如山东省荣成市郭家村毛子沟独木舟、天津静海木船、滑县宋船、西安灞桥汉船等。国外也有回填保护案例，如丹麦国家博物馆异地掩埋用尼龙网和沙土固定木船残骸。但木船在回填后逐渐适应新环境的过程中，必然会遭受进一步的腐蚀和破坏，因此对于已发掘出来的木船不建议采取回填保护。
  迁移保护是国内近些年来使用越来越多的方法。在迁移方式上一类是整体打包，另一类则是经现场测绘、标记编号后分拆打包。如河南洛阳1号木船、安徽柳孜木船等采取整体迁移；天津张湾2号木船整体套住木船后翻转180度整体迁移。而山东菏泽木船、梁山木船、聊城运河木船、鄄城凤凰木船等则采取局部拆解后再行迁移保护。
  发掘会引起木船原有保存环境骤变，因此首要要开展现场保护，目的是减缓环境变化速率，使木船逐渐适应暴露环境。现场多采取遮蔽、喷水等物理措施保持船体湿度，同时收集木材、地下水、泥土等样品，以便开展树种鉴定、盐分分析等保护所需的基础数据。
  其次是包装，船材预处理、外钢构制作、支撑填充等是包装环节的主要工作内容。出土木船多表现有腐朽、饱水、微生物等病害。预处理是包装前用高分子材料与天然树脂、特种纤维材料对船体内外进行封护和加固，避免船体与较硬材料直接接触。外钢构制作是通过焊接或栓接方式，构建木船迁移保护的加强防护层。支撑填充是将木船固定于外钢构内，不直接与外钢构直接接触，该支撑体应强度适中，一般选用木材、聚氨酯发泡剂等材料。
  再次是吊装运输。完成所有包装后，利用起重机将木船搬离考古现场并运抵保存场所。这一环节应根据外钢构的形状及内部重力分布特点，合理布置起吊点，让各部位受力均匀。起重机最大起重量至少在包装体重量的两倍以上。且运输车辆应缓慢匀速行驶，事先要做好路线勘察。
  临时存放场地的设计，除承重外，还要充分考虑木船修复后的高度，船底及四周要留出充足空间，便于保护修复工作进行，对于需要展示的，则要预留参观通道。同时场地内要配备空调、湿度调控设备以及温湿度监测仪器等。
  迁移保护的主要步骤包括分析调研、包装运输、临时存放等。首先要仔细分析木船的埋藏环境，如水样、泥土、船材样品等，从残存状态、制作工艺等方面进行保存状态评估。一般来讲，官船制作相对精良，用材讲究，船外板多采用挺拔的杉木或松木等大型树种，隔舱板多采用柏木等硬树种。而民船用材相对复杂，树种较多。继而根据以上步骤所收集信息，邀请工程技术、船史、考古等多方面专家共同制定迁移方案。
  木船自沉水至完全被泥沙封固是一个长期演变的过程。木船沉水后，处于水中的船体构件因流水、流沙、水生生物等破坏，很多松散构件或流失或漂移，或因水位下降、航道清理等因素，受到不同程度的破坏。同时，淤泥或流沙缓慢在船体上堆积，直至船体完全被尘封。从目前出土内河船的情况来看，得以保存下来的多是尘封在泥土或淤沙中的部分。