晚期水关现存遗迹为砖石混合建筑，内壁上宽下窄，宽2.6～3.64米，残高4.3米；墙基较低，较早期水关基处低约l米。闸槽近城墙外侧，槽口从起券处直达关底石板，水关底部密布地丁，上铺石板；石板南端铺设地砖，外用石条封挡；水关内壁有穿透石板打入地下的护壁木桩。晚期水关始建时为石质建筑，内壁嵌有“甲戌城砖”、“海陵陆四五”铭文砖。水关南端为明清时期修补，水关北端为用水泥粘接的现代青砖。
水关遗址南北长28.6米，东西宽14.15米，残高3.36米,平面呈“][”状，分早、晚两期。
在早晚两期摆手之间，出土了数枚宋代钱币、陶储蓄罐、少量古代瓷片；在河道底部发现有明清瓷器和瓷片。
泰州宋代南水关遗址位于泰州铁塔广场的东北角(海陵南路西侧，玉带河南岸)，于2009年12月4日被发现，后进行了抢救性发掘，发掘面积达600平方米,2010年6月发掘阶段性结束。到目前为止，水关的东南、东北摆手仍未能完全清理出来。
晚期水关的年代可以根据在晚期水关中央部位发现的“甲戌城砖”、“海陵陆四五”铭文砖来判断。铭文砖和望海楼附近的水涵洞遗址发现的“泰州癸酉”时间相近，而且涵洞遗址也发现有“海陵陆四五”铭文砖，涵洞的建筑年代考证为南宋嘉定六年(1213年)，因此推测晚期水关第一次维修当为嘉定七年，即1214年。据道光《泰州志》记载，南宋淳熙十年，知州万钟修筑东南北水关，我们推测晚期水关当为万钟修筑，所以我们推断晚期水关的建筑年代为此前不久的南宋淳熙十年(1183年)。其后明清时期和近现代均对水关进行过维护。
早期水关遗迹的主体建筑为石质建筑，内壁上下等宽，宽度为4.92米；墙基较高，残高2.45米。闸槽近城墙内侧，槽口不到底，密布地丁为基础，上铺木方，木方上逐层垒砌石板，石板水平方向以榫卯连接，上下以糯米砂浆粘接。
在早期水关东北摆手内侧，有一砖砌四边形建筑，外侧用砖砌筑，中央填土，西侧和早期水关内壁平行。考虑到南北水关的中市河和环内城的玉带河将城内分割成不相连区域，为了联系东西两侧，北水关内侧相对应位置建有吊桥，推测这里也应建有吊桥。这一建筑可能是吊桥基座。
