2010年7～10月，联合考古队对该遗址进行了第二次考古发掘。发掘区域位于遗址的东部。本次发掘面积4117平方米。共发现红山文化时期房址36座，灰坑62个，灰沟2条，灶4座。
房址均为地穴或半地穴式。平面形状多样，有圆角方形、梯形和平行四边形等，房址的面积在10～50 余平方米不等。墙残高约60多厘米至数厘米不等。剖面形状基本为直壁。灰坑的坑口形状有圆形、椭圆形、圆角方形和不规则形等；坑体结构有直壁筒形、倒梯形、袋状、锅底形等； 坑底形态有平底和二层台等样式。两条灰沟均位于遗址的东侧，对其他遗迹呈环绕之势。
2009年至2011年期间，内蒙古文物考古研究所与吉林大学边疆考古研究中心组成联合考古队，已先后三次对该遗址进行了考古发掘，累计发掘面积13,300平方米左右，确认房址103座，灰坑201座，灰沟4条，灶址12座以及其他遗迹等，出土了陶器、石器、动物骨骼、蚌器等大量遗物。
2009 年 7 月，联合考古队对该遗址进行了第一次考古发掘，揭露面积约5000平方米，共发现房址28座，灰坑8个，灶址3个，墓葬2座，灰沟1条。房址皆为圆角长方形半地穴式，面积8～60平方米不等，门道在南侧，大部分为生土居住面，瓢形灶多位于房址中部。灰坑一般为圆形筒状，也有椭圆形的。
魏家窝铺遗址位于内蒙古赤峰市红山区文钟镇魏家窝铺村东北部约2公里处的台地上。2008年5月该遗址在第三次全国文物普查中首次被发现。2008 年10月到11月，内蒙古文物考古研究所对该遗址进行了实地测量与勘探，初步确认该遗址总面积约9.3万平方米，是一处保存较好、规模较大的红山文化早中期聚落遗址。出土陶器有筒形罐、红陶钵、几何纹彩陶钵等，石器有耜、锄、斧、磨盘、磨棒等。
房址均为半地穴式房址，从可以确认的房址平面形态来看，这些房址大部分呈方形或圆角方形，个别房址平面形态略呈梯形，直壁或斜直壁，地面基本平坦或略有起伏，绝大多数房址中央位置可以确认相互连接的灶坑与火道，基本上与火道方向一致的房址壁上确认门道，门道大部分斜坡状，偶有水平台阶的设置。
遗址内出土遗物十分丰富，以陶器为主，按用途可分为陶容器和陶制品两大类。陶容器可分夹砂、泥质两类，夹砂陶数量较多，泥质陶次之。纹饰以之字纹最多，刻划纹、戳印纹、压印纹次之，还见有少量的编织纹、弦纹和彩绘陶。彩绘陶以红彩居多，图案有弧线条带纹、折线纹、几何状方格纹，三角纹等；黑彩数量较少，图案有弧边三角纹、平行折线纹等。陶器以平底器为主，还包括少量圜底器和有足器。器类有筒形罐、斜口器、釜、双耳罐、瓮、鼓腹罐、盆、钵、碗、鼎、器盖、杯等。陶制品有陶纺轮和陶球等。
遗址内还出土了一定数量的石器和少量骨角制品。石器主要有磨制石器、打制石器和细石器，包括石磨盘、石磨棒、石斧、石锛、穿孔石刀、石耜、石砧、磨石、石镞、石饰品、石叶、刮削器、砍砸器等。
2011年7月～10月，联合考古队对该遗址进行了第三次考古发掘。本年度的发掘区位于整个魏家窝铺遗址的东北部分，北邻2010年度发掘区，东部与南部为待发掘区。2011年度整体发掘面积为4204平方米。共确认房址39座，灰坑56座，灶址5座，灰沟2条，出土大量陶器、石器、蚌器以及动物骨骼等。
