在“南海一号”上，水果有梅、槟榔、橄榄、荔枝、葡萄、枣、南酸枣和滇刺枣等，坚果有锥栗、银杏、香榧子和松子等。其中，锥栗最多，达1974粒，占出土植物种子总数的63.6%;梅核次之，占25.7%.
以今人的眼光看来，船上出土的大多数水果是更宜腌制成凉果和蜜饯的品种。例如，梅子的酸度过重，很少被鲜食，一般都是用盐、甘草和糖腌制成凉果，称之为“话梅”，含在嘴里，酸咸可口，生津止渴。“这不是巧合，应是采购者特意为之。”赵志军说，在远洋航行中，腌制果品和坚果更易于保存，营养和口感也不错。
当时，像“南海一号”这样大中型的福船多为客货两用。船上除船员外，还有往来的商贾、官员、使节和他们的扈从。在沿途靠岸补给时，人员流动会带来复杂的食物图谱。因此，考古学家发现零星的葡萄、荔枝遗存也在情理之中。
此外，甲板上还散布着少量水稻、冬瓜遗存，这两种栽培作物在南宋时已被广泛种植。由于籽粒较轻，很多遗存可能已随洋流漂走，但也有一些稻谷保存完好，甚至连金色表面的细纹都清晰可见。
在中国社会科学院考古研究所的实验室中，工作人员通过显微镜对一堆堆颜色灰暗、外壳脆弱的植物遗存样本进行了种属鉴定。这需要“火眼金睛”：比如，同是直径仅约4毫米的“圆球”，就有花椒和胡椒之分。
鉴定结果显示，“南海一号”上有多达19类植物种属。其中，水果类和坚果类的出土数量最丰富，种类最多。赵志军说，考虑到沉船海域远离陆地，出土的植物遗存很可能是原本属于船员的食物和生活用品，“它们讲述着舌尖上的航海史”。
