1937年7月7日，日军发动卢沟桥事变，抗日战争全面爆发。7月29日，日军攻克北平，北平和天津相继沦陷。随后，日本人扶持江潮宗出面组织“北平地方维持会”。1937年8月21日，故宫博物院、古物陈列所、北平图书馆、历史博物馆联合设立总司四机关警备办事处，联合保卫四机关文物，钱桐任处长。1937年9月14日，北平地方维持会以故宫博物院、古物陈列所、北平图书馆、历史博物馆、北平研究院、地质调查所、历史语言研究所、中国大辞典编纂处等文化机关关系中国国粹，为保护原状，免有疏虞起见，组织“文化机关保管委员会”，周肇祥任主席。
北平沦陷后，故宫北平本院与国统区的交通、通信几乎断绝，难以得到国民政府的财政支持和具体行政指导，所以国民政府对于沦陷时期故宫北平本院的档案资料也很少。主持故宫日常工作的就是故宫博物院总务处长张庭济，他与留守职工一起还是按原有体制工作，典查留存文物，在极其艰苦的环境下苦撑了八年。当时，日本人虽然攻占了北平，但是也不得随意进入故宫，除非带有介绍信，否则会被留守的工作人员拒之门外。
南迁文物中有相当一部分是历代的宫廷收藏，堪称国宝，其中包括鼎鼎大名的毛公鼎、著名的《快雪时晴帖》等。在这15年里，南迁文物行程上万里，穿越大半个中国，然而这上百万件文物没有一件丢失，也几乎没有毁坏。
日本也曾妄图派日本人担任故宫的院长或顾问，但遭到了故宫方面的坚决抵制，因而未果。日伪在投降前后，销毁了大量档案资料，有关北平本院的档案资料分布相对分散，查找困难，另外其他如日本新民会的档案等，鉴于地域条件的客观限制，难以更大程度地利用日本的档案资料，所以对沦陷期间故宫本院的研究较少。
2010年，也就是故宫博物院建院85周年、反法西斯战争胜利65周年时，故宫博物院曾倡议举办了“重走文物南迁路”实地考察活动，南京博物院也参与其中。当时参与这个活动的人员，很多就是当年故宫南迁亲历者的后代。这次考察路线就是按南京—贵阳—安顺—宝鸡—汉中—成都—重庆—峨眉行进，途中也考察了乐山、峨眉两地的文物存放地和存放遗址。
