现在，送龙山岩画、小方岩岩画、中央坑崖刻、西塘岩画均立起了全国重点文物保护单位的石碑，设立了保护范围、建设控制地带、挂上保护标志，并安排附近村民作为义务文保员进行定期巡查。但人为的破坏仍然存在，防不胜防的民间拓片就是其中之一。在送龙山岩画的几处岩壁和岩面图纹上，仍然可见拓片留下的白色胶体痕迹，虽然在雨水冲刷后胶体会消失，但已对图案造成了损坏。
王建平是中国岩画学会会长，参加过2014年在仙居召开的中国岩画研讨会，对朱溪小方岩等进行了实地考察研讨。在他看来，仙居岩画是独特的存在，“填补了农耕文明类型的空白”。
他表示，中国目前已发现的岩画共有4大文化区域，分别是内蒙古、新疆等地的中国北方岩画区域，广西左江花山岩画所在的西南岩画文化区域，中原岩画文化区域和包括浙江、福建在内的东南沿海岩画文化区域。
中国岩画学会会员、台州市博物馆副馆长张峋，研究岩画已有10年，他认为仙居岩画反映了古越族先民的生活形态、农事意识、民俗信仰、宗教礼仪，为深度研究古越族先民提供了宝贵的实物资料。在当地岩画爱好者和研究者的共同努力下，《仙居岩画述论》等论文相继发表，《中国仙居岩画考略》一书出版，仙居县历史研究会成立。
目前，浙江省古建筑设计研究院负责的仙居古越族岩画群具体保护规划已在制订中。仙居县文物管理委员会打算建一所集保护和展示于一体的岩画博物馆，让更多的人知道仙居岩画，了解先民的历史足迹、感受古老文化的魅力。
这些隐藏在大山深处的岩画价值何在?
岩画的本体保护也是一个棘手问题。长期的风吹日晒、雨水冲刷，特别是江南多酸雨等自然现象均会对岩画造成不同程度的磨损。现在有几处岩画已出现了不同程度的风化。
但这些岩画为何出现在仙居?到底属于哪个年代?先民用它表达什么意思?许许多多的未解之谜，仍等待着人们去揭晓。
至于岩画的年代判定，王建平表示，岩画断代是一大难题，在900处世界文化遗产中有36处岩画遗产，而只有5处搞清楚了年代，岩刻类岩画至今未有准确断代的。仙居岩画的具体年代判定，还需要在未来借助于科学实验和考古学、文化人类学的结合。这次左江花山岩画申遗成功意义重大，王建平希望未来像仙居岩画这样独具特色的中国岩画也能够进入世界文化遗产大家庭。
北方岩画多表现狩猎、游牧，西南岩画以红色涂画为主，沿海岩画一般是渔猎岩画的样式，但仙居岩画地处沿海却完全没有渔猎痕迹，而是集中展现了农耕图纹，可以说是独树一帜。王建平同时表示，就他目前所了解的情况而言，“如此集中反映农耕文明的岩画在世界上也是少有的”。这些鲜明特征对研究江浙一带族群文化和当地文化的融合有较高的学术价值。
