自2003年以来，周公庙考古队对该遗址进行了全覆盖式的地面调查、重点区域的详细钻探和有针对性的发掘，发现了商周时期7处千余座墓葬、40多座大型夯土建筑基址、1700余米长的夯土墙，以及铸铜和制陶作坊遗存各一处，出土商周时期周人甲骨文近500字。基本建立了该遗址自新石器时代至商周时期的考古学文化编年与文化谱系，大致探明了该遗址商周时期的布局结构。
周公庙遗址是一处先周至西周时期的重要聚落遗址。从2004年开始发掘以来，先后发现了大中小型墓葬区、居住区、 铸铜作坊等遗迹和零星刻字甲骨及大量遗物。2008年的重要发现，是在大型宫殿基址前面倾倒垃圾的灰坑中发现了7651块卜甲，且多有刻字，字数达到了以往发现的先周西周时期有字甲骨的两倍，经初步辨识，有人名、地名、方国名、祭祀、战争、占梦、记时、月相等内容，其中亶王、王季、叔郑等周人先王和西周初年重要人物的名字为首次出现，对研究周族历史和先周至西周早期周人的社会结构是不可多得的珍贵资料。
2008年，周公庙考古队在在庙王村(ⅢA1区)发掘地点，共清理商周时期灰坑等遗迹近百座，以及龙山时代房址、陶窑和灰坑等各类遗迹近60座，其中最重要的发现是一处客省庄二期文化晚期的窑洞式院落遗迹；在折树棱(ⅣA2区)发掘地点共清理墓葬73座、殉马坑2座、房址2座、灰坑9座，墓葬均为中、小型墓葬，年代从西周早期延至西周晚期；最重要的发现来自祝家巷(ⅢA2区)地点的发掘，在一条东南-西北走向的大沟(ⅢA2G2)中出土了7651片西周卜甲，其中有刻辞者685片，可辨识刻辞字数约1600字。根据卜甲刻辞的内容及字体特征则可以初步确定这些卜甲的年代为西周早期。卜辞内容比较丰富，大体可以归纳为人物、地名、祭祀、战争、纪年历法、占梦、数字、卜辞格式等八类。
