2016 年，为了更进一步了解浅穴式大型建筑周围的情况，中国社会科学院考古研究所会同郑州市文物考古研究院在梁家台东北台地上再次布方。主要发现有王湾三期文化遗存、新砦期文化遗存、二里头时期文化遗存，以及历史时期文化遗存。截至目前王湾三期的文化遗存相对较少，只在个别探方发现，其余暂时不见。
遍布所有探方，主体地层为③～⑥层。文化遗迹主要有房址17 处、墓葬30余座、灰坑500 多个、祭祀坑4 处、陶窑1处等。
房址 F17 开口③层下，方内残长6 米、宽6 米。填土多为黄土，其中残有2平方米大小夯土，其上有踩踏面，较坚硬。双圈柱洞共发现5 处，最大外径0.55米，厚约0.4～0.5 米，包含有器盖、折肩罐等新砦期常见器物。
中国社会科学院考古研究所和郑州市文物考古研究院等单位，先后在河南新密新砦遗址东城墙外和梁家台东北台地进行发掘。这两年的发掘收获主要是城址外也发现有居住址存在，为研究新砦聚落布局情况提供了新的材料。浅穴式建筑以南的区域发现了大量的窖穴，为认识浅穴式建筑的性质提供了新的线索。王湾三期文化铜器的发现为研究我国早期铜器的制作及研究铜器的起源等提供了新的材料。新砦遗址首次发现了西周时期的遗存，丰富了新砦考古的内容。
F18 开口③层下，残长3.8米、宽2.2 米，一般厚度约0.2～0.4 米。填土为黄土，包含有器盖、折肩罐等新砦期常见器物。
墓葬 开口层位在③～⑥层均有发现，一般长1.5～2 米、宽0.4～0.5 米、深0.3～0.5 米。无棺椁、无随葬品，墓穴大小仅能容身。可分为长方形竖穴土坑墓、瓮棺葬、灰坑葬三类。其中M28 折身屈肢，头南面东双手位于额前，双腿蜷曲，一棺涂抹朱砂，骨骼上遍布朱砂，推测为非正常死亡。
文化遗物 主要有陶器、骨器、石器、玉器、铜器，另有一批高规格遗物。其中彩绘陶鸟残长16 厘米，残高7 厘米，与彩绘陶鸟伴出的器物有豆、钵、碗、瓮、折肩罐、盆、器盖等陶器，兼有石镰、石刀、石凿、石锛、石钺(残)等石器及卜骨等文化遗物。发现骨针多完整带眼，长度在0.8～0.3 厘米之间。此外还发现有马肩胛骨做的卜骨、鹿角权杖、穿孔人骨、石矛、带有朱砂的石祖、青铜錾、青铜刀等。
灰坑 主要可分为五类，一类圆形袋状;二类长方形，其中H324：长3.3米、宽2.6 米、深2.8 米、东壁为夯土厚约1 米，南北长度因未发掘不清，北壁有人为加工痕迹;三类：方形坑如H230，口边长3.2 米、底边长2.8 米、深3.5 米，四壁火烤厚约5～7 厘米。
祭祀坑 目前H341 发现整猪骨架，长1.4 米，高1.2 米。侧卧头西面北，四肢朝北。前后肢被绑，推测被活埋用于祭祀。另外还有H390、H466。
